Ca ne répond pas à tous les critères car je ne crois pas que ce soit libre, et ça fait plus que demandé… Mais pour faire ça j’utilise Obsidian (avec sync sur Git ou cloud).

En équivalent open source il y a Logseq et Trilium (que je n’ai pas essayé). Peut-être Notion qui n’est probablement pas open source ?

Mais ce sont des solutions bien plus grosses que de simples prise de notes.

Si tu veux juste faire du MD avec des relations et/ou tag, en gros faire un Zettelkasten, l’outil que je préfère est The Archive mais c’est hors propos car payant et sur MacOS.

Sur leur forum certains proposent Mindforger et Zettlr.

Zettlr serait celui que j’utiliserai sur Windows pour remplacer The Archive. FOSS, offline (ou cloud c’est toi qui choisi), fait pour le Zettlekasten. Pour le cryptage je ne sais pas mais tu peux crypter l’endroit où tes fichiers .md sont enregistrés au niveau de l’OS.

Je peux te recommander Joplin, je l’utilise depuis quelques années pour mes notes perso. Il y a (presque) tout ce que tu souhaites, et c’est open source. Tu peux mettre en place une synchronisation chiffrée sur le cloud (ou pas). En revanche, Joplin n’est pas chiffré localement.

Edit : syntaxe

Ce genre d’outil c’était ma passion y’a 20ans avec tiddlywiki, wikit et dautre wikis perso sous Windows. J’avoue que ces notes ne m’ont pas trop servi en fin de compte. En tout cas je trouve ça drôle que des éditeurs Markdown et des applications payantes se vantant d’innover de ouf ne font que réinventer le concept de wiki qui passionait les nerds à l’époque. Maintenant les gens pensent que “wiki” est l’abréviation de Wikipedia. Enfin bref, bonne chance dans ta recherche